Kilise, Yukarı Mevkii’nin güneybatısında, Gibos vadisinin bitiş noktasının yaklaşık 800 metre altında yer almaktadır. Rumlar döneminde kiliseye, Yeni Mahalle’den 60-70 metrelik bir tünel ile ulaşılmaktaydı. Günümüzde özel mülkiyette olan kilise, S. Pekak tarafından (2009) III No.lu kilise olarak tanımlanmıştır. Ürgüp’e bağlı bir köy olan Başköy’den mübadele ile ayrılan bir ailenin torunu olan Dimitri Katsikas Kapadokias’in araştırmaları sonucu, Mustafapaşa’daki Aziz Grigorios kilisesinin burası olduğu anlaşılmıştır.
Genel olarak iyi durumda olan kilise bunu büyük ölçüde merhum Mehmet Balta’ya borçludur. Balta, uzun yıllar boyunca kilisenin de içinde bulunduğu, Gibos Vadisinin bir uzantısı durumunda olan vadinin bakım ve temizliğini yaparak, burayı turizme kazandırmıştır.
Kilisenin bir kısmı kayaya oyma; bir kısmı ise yığma tekniğinde yapılmıştır. Kilisenin, doğu-batı doğrultusunda dikdörtgen planlı bir naosu vardır. Bu ana ibadet mekânı, ikişer sıra sütunlarla üç nefe ayrılmıştır ve neflerin tamamı beşik tonoz örtülüdür. Yapının doğusunda, yarı kubbe örtülü bir apsis bulunur. Naosun güneyinde bir mekân daha bulunmakta olup, tümüyle kayaya oyma olarak yapılmıştır.
Kiliseye girildiğinde en dikkat çeken özellik, dört sütunun tam ortasındaki orta nefin zeminindeki dikdörtgen mezardır. Mevcut durumunda kilisenin bezeme programının sade olduğu görülür. Kilisede günümüzde yalnızca, naosa açılan pencerelerin söve ve kemerlerindeki koyu ve açık renk boyalarla yapılmış taş imitasyonları vardır.
Mustafapaşa’nın yerli bir ailesine mensup olan ve köyle ilgili yıllardır araştırmalar yapan Tevfik Balta, aile büyüklerinin anlattığına göre bu kiliseyi özellikle kadınların sıklıkla ziyaret ettiğini ifade etmiştir. Ayrıca Balta, kilisenin girişindeki batı duvarın üzerindeki pencerenin üst kısmında taştan yapılmış bir kadın portresi olduğunu belirtmiştir. Balta’nın aktardığı bu bilgilere bakıldığında, kadınların uğrak noktası olan kilisede bir kadın mezarının olabileceği düşünülebilir.